三重塔の修理は、文化財建造物の保存修理事業として岡山県・岡山市の補助を得て、保存修理委員会を設立して平成11年度から4ヶ年計画で取り組んでいる。修理事業の2年目にあたる平成12年12月2日(土)には、金山寺三重塔保存修理委員会主催による修理途上の一般公開が実施され、素屋根の架けられた足場を登り、複雑に絡み合う木組みや軒裏の組み手を間近に見学し、参加者からは感嘆の声があがった。